plupart des cas, les structures de répertoires. Malheureusement, certaines applications installent des fichiers exécutables différents pour chaque OS, ce qui fait qu’il faut créer des structures de répertoires distinctes. On ne peut pas prédire quelles applications installeront des exécutables différents, c’est donc par l’expérience que vous saurez quelles applications ont ce comportement.
Il peut aussi être difficile de désinstaller une application partagée par les deux OS. L’OS depuis lequel vous désinstallerez le programme retirera les fichiers de fichiers exécutables et les librairies de l’application, ainsi que les valeurs devenues inutiles dans son Registre, mais il ne touchera pas au Registre de l’autre OS. Lorsque vous démarrerez avec l’autre OS, la procédure de désinstallation pourrait échouer car le fichier exécutable manque. Il faut alors réinstaller l’application pour la supprimer de nouveau.
Je préconise de n’installer sur chaque OS que les applications strictement nécessaires. J’utilise Windows 2000 comme OS principal ce qui fait que j’installe sous cet OS des applications telles que Microsoft Office. J’utilise Windows 98 principalement pour les tests ce qui fait qu’il ne reçoit pratiquement que des applications à  tester.